Wynigen als Ortsnamen finden wir erstmals im Urbar des Grafen von Kyburg im Jahre 1261/1263; und zwar in der Schreibweise "Winigen". In diesem Einkünfteverzeichnis des Amtes Gutisberg sind auch die heutigen Orte, Weiler und Hofbezeichnungen Bicchingen (Bickigen), Swandon (Schwanden), Solberc (Sollberg), Capella (Kappelen), Rüdispach (Rüedisbach) und Verrichberg (Ferrenberg) erwähnt.
Die verschiedenen Schreibvariationen (Winingen, Wyningen, Winnigen, Winigen, Winniggenn, Winigenn, Weinigen und Wynigen) sind nicht bloss auf sprachliche Gesetzmässigkeit, sondern vor allem auf die uneinheitlichen Ortographie jener Zeit und auf "modische" Strömungen zurückzuführen.