Die Ersterwähnung der Kirche Wynigen fällt in die Zeit der Kreuzzüge (ca. 1200 bis 1400) der abendländischen Christenheit nach Palästina. Diese Kriege verschlangen riesige Geldsummen. Zur Finanzierung eines derartigen Kreuzzuges wurde 1275 eine Sondersteuer erhoben, die dem Papst entrichtet werden musste. Für jede Kirchgemeinde wurde die Höhe des Betrages, den sie zu entrichten hatte, schriftlich festgelegt.
Leutpriester von Wynigen war zu der Zeit Berchtold von Rüti, der auch für die Kirchgemeinden Oberburg, Kirchberg und Koppigen zuständig war. Zudem war er Prior (Vorsteher) des Chorherrenstifts St. Ursen in Solothurn, Chorherr zu Basel und zu Amsoldingen. Die vielen Ämter zwangen ihn, sich in den Kirchgemeinden vertreten zu lassen. Von den Einnahmen aus seinen Pfründen brauchte er nur ein Weniges für die Bezahlung seiner Vertreter, während er den grösseren Teil für sich behielt. So wusste er sich nicht nur Reichtum, sondern auch Ansehen, Vertrauen und Einfluss zu verschaffen. So zogen ihn zum Beispiel die Kyburger zu wichtigen Verhandlungen als Berater und Zeugen bei. Selbstverständlich gab es in Wynigen schon lange vor der Ersterwähnung eine Kirche. Bei der Renovation der Kirche im Jahre 1958 wurden im Chor Mauerreste freigelegt, die auf zwei Anlagen hinweisen, die mit Sicherheit vor dem Jahre 1000 n.Chr. erbaut worden waren. Der Turm jedoch wurde dem Gebäude erst am Ende des 12. oder im frühen 13. Jahrhundert beigefügt.