Die Gemeindeversammlungen Wynigen, Seeberg, Rumendingen und Hermiswil haben im Sommer 2013 beschlossen die Schulen Wynigen und Seeberg zusammenzuschliessen.

Bis ins Jahr 2014 führten die Gemeinden Wynigen und Seeberg zwei eigenständige Schulen. Bereits seit der Gründung der Sekundarschule in Wynigen im Jahre 1835 besuchten jedoch SchülerInnen aus den Gemeinden Seeberg, Hermiswil und Rumendingen die Oberstufe in Wynigen. Seit 1963 gingen bereits die PrimarschülerInnen aus Rumendingen in Wynigen zur Schule.

Rückläufige Schülerzahlen zwangen die Gemeinden in der Vergangenheit immer wieder zu Schliessungen von Schulhäusern. Seit dem Jahr 2003 waren keine PrimarschülerInnen mehr im Schulhaus Seeberg. Das Schulhaus Riedtwil musste auf das Schuljahr 2007/2008 geschlossen werden. Die OberstufenschülerInnen besuchten von da an alle die Sekundar- oder Realschule in Wynigen.

In der Gemeinde Wynigen mussten die Schulhäuser in Mistelberg (2007) und Rüedisbach (2010) geschlossen werden. Die SchülerInnen aus Mistelberg wurden nun mit dem Schulbus nach Kappelen und diejenigen von Rüedisbach nach Wynigen Dorf transportiert.

Mit dem Schuljahr 2014/15 startete die gemeinsame Schule Wynigen-Seeberg. Die neue Schule wird im Sitzgemeindemodell – Sitzgemeinde Wynigen – mit Anschlussvertrag der Gemeinden Seeberg, Hermiswil und Rumendingen geführt.Die rechtlichen Grundlagen sind im Organisations- resp. Schulreglement und der Schulverordnung der Gemeinde Wynigen enthalten.